Bij Proefdiervrij is de directie bestuur in de zin der wet. Het toezicht op de directie wordt uitgeoefend door de Raad van toezicht (RvT). De RvT uit 5 tot 7 personen, vergadert 4 à 5 keer per jaar en heeft vooral een controlerende taak. Daarnaast heeft de Raad een belangrijke klankbordfunctie voor de directie en geeft ook (on)gevraagd adviezen. Zie voor specificatie van de taken de statuten (artikel 12).