Proefdiervrij werkt met het 'nieuwe verenigingsmodel': de directie is bestuur in de zin der wet. Het toezicht op de directie wordt uitgeoefend door de Raad van toezicht (RvT). De RvT uit 5 tot 7 personen, vergadert 4 à 5 keer per jaar en heeft vooral een controlerende taak. Daarnaast heeft de Raad een belangrijke klankbordfunctie voor de direktie en geeft derhalve (on)gevraagd adviezen. Zie voor specificatie van de taken de statuten (artikel 26).